方法が1つ見付かりました。
docutils.conf に書けるオプションとして smartquotes_locales があり、ここには引用符の置き換えに使う文字列が言語ごとに指摘できます。
http://docutils.sourceforge.net/docs/user/smartquotes.html#smartquotes-locales
docutils.conf に以下の内容を記述して、日本語で引用符の置き換えに使う文字を ""'' (二重引用符、二重引用符、単引用符、単引用符) に設定すれば、実質的に変換しない動作が実現できます。
[restructuredtext parser]
smartquotes_locales: ja: ""''
これは括弧についてだけの設定なので、 ---, --, ... には smart quotes による変換がかかります。
(smart_quotes:no とするよりもこちらの方が良いと思います。)
実験結果
repository URL: https://github.com/python-doc-ja/cpython-doc-intl.git
commit hash: 87caf1ccad1457387bec57579fc742af3f2b703b
OS: macOS 10.13
Python ver.: 3.6.3
Sphinx ver.: 1.6.4
docutils ver.: 0.14
.po ファイルは日本語のみ用意。
日本語、smart quotes 有効、docutils.conf 無し
ビルドコマンド: sphinx-build -j4 -D language=ja -D locale_dirs=locale -D gettext_compact=0 -A versionswitcher=1 -E -d build/doctrees . ./_build/html
画面キャプチャ
フランス語、smart quotes 有効、docutils.conf 無し
ビルドコマンド: sphinx-build -j4 -D language=fr -D locale_dirs=locale -D gettext_compact=0 -A versionswitcher=1 -E -d build/doctrees . ./_build/html-fr
画面キャプチャ
日本語、smart quotes 有効、docutils.conf 有
ビルドコマンド: sphinx-build -j4 -D language=ja -D locale_dirs=locale -D gettext_compact=0 -A versionswitcher=1 -E -d build/doctrees . ./_build/html-conf
画面キャプチャ
フランス語、smart quotes 有効、docutils.conf 有
ビルドコマンド: sphinx-build -j4 -D language=fr -D locale_dirs=locale -D gettext_compact=0 -A versionswitcher=1 -E -d build/doctrees . ./_build/html-fr-conf
画面キャプチャ
